Publications

Crisci L., Carpentieri L., Cosenza B., Accordi G., Gadioli D., Vitali E., Palermo G., Beccari A. R. (2024). Enabling performance portability on the LiGen drug discovery pipeline. In FGCS.
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Accordi G., Gadioli D., Seguini G., Beccari A. R., Palermo G. (2024). ZSMILES: An Approach for Efficient SMILES Storage for Random Access in Virtual Screening. In HiCOMB IPDPS ‘24.
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Palermo G., Accordi G., Gadioli D., Zhang Y., Vitali E., Guindani B., Ardagna D., Silvano C., Beccari A. R., Bonanni D., Talarico C., Lughini F., Biswas A. D., Martinovic J., Golasowski M., Silva P., Bohm A., Beranek J., Krenek J., Jansik B., Thoman P., Salzmann P., Fahringer T., Schwede T., Alexander L. T., Tauriello G., Durairaj J., Cosenza B., Crisci L., Emerson A., Ficarelli F., Lindahl E., Wingbermuhle S., Gregori D., Coletti S., Sana E., Gschwandtner P. (2024). LIGATE - LIgand Generator and portable drug discovery platform AT Exascale. In CF ‘24.
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Gadioli D., Accordi G., Krenek J., Golasowski M., Foltyn L., Martinovic J., Beccari A. R., Palermo G. (2024). A Portable Drug Discovery Platform for Urgent Computing. Procedia Computer Science.
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Accordi G., Gadioli D., Palermo G., Crisci L., Carpentieri L., Cosenza B., Beccari A. R. (2024). Unlocking performance portability on LUMI-G supercomputer: A virtual screening case study. In IWOCL ‘24.
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Vitali E., Ficarelli F., Bisson M., Gadioli D., Accordi G., Fatica M., Beccari R. A., Palermo G. (2024). GPU-optimized approaches to molecular docking-based virtual screening in drug discovery: A comparative analysis. In JPDC.
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Accordi G., Gadioli D., Vitali E., Crisci L., Cosenza B., Beccari A., Palermo G. (2024). Out of kernel tuning and optimizations for portable large-scale docking experiments on GPUs. In JoS.
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Carpentieri L., D'Antonio M., Fan K., Crisci L., Cosenza B., Ficarelli F., Cesarini D., Accordi G., Gadioli D., Palermo G., Thoman P., Salzmann P., Gschwandtner P., Wippler M., Marchetti F., Gregori D., Beccari A. R. (2023). Domain-Specific Energy Modeling for Drug Discovery and Magnetohydrodynamics Applications. In SC ‘24.
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Palermo G., Accordi G., Gadioli D., Vitali E., Silvano C., Guindani B., Ardagna D., Beccari A. R., Bonanni D., Talarico C., Lughini F., Martinovic J., Silva P., Bohm A., Beranek J., Krenek J., Jansik B., Cosenza B., Crisci L., Thoman P., Salzmann P., Fahringer T., Alexander L. T., Tauriello G., Schwede T., Durairaj J., Emerson A., Ficarelli F., Wingbermuhle S., Lindhal E., Gregori D., Sana E., Coletti S., Gschwandtner P. (2023). Tunable and Portable Extreme-Scale Drug Discovery Platform at Exascale: the LIGATE Approach. In CF ‘23.
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